SNP與疾病風險度關聯之間的Meta分析

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1、SNP與疾病風險度關聯之間的與疾病風險度關聯之間的Meta分析分析SNP背景簡介背景簡介SNP多態性與疾病風險度之間關聯的多態性與疾病風險度之間關聯的Meta分析的步驟分析的步驟文獻實例文獻實例 SNP(single nucleotide polymorphism)單核苷酸多態性：主要是指由于單個核苷酸的變異而引起基因組水平上的DNA序列多態性，形式包括單堿基的缺失、插入、轉換單堿基的缺失、插入、轉換及顛換及顛換等。一般而言，上述形式中最少最少1種等位基因在群種等位基因在群體中的頻率大于體中的頻率大于1，但在某種特殊情況下(如cDNA中)也可以小于1。SNPs是指在某一人群的正常個體基因組內特

2、定核苷酸位置存在的單個堿基不同，且頻率至少大于1%。繼以SSR、ISSR為代表的第二代分子標記技術基礎上發展起來的第三代分子標記技術。Part 1-SNP背景簡介背景簡介基本概念基本概念 多態性是指這個差異占群體的占群體的1%以上以上，小于1%則是突變。SNPs是指在某一人群的正常個體基因組內特定核苷酸位置存在的單個堿基不同，且頻率至少大于1%。SNP是多態性的一種是多態性的一種，但只限定在單堿基。一般說來，SNP是全部體細胞一樣的基因型。突變一般不是一個個體全部細胞的變化。如果突變發生在生殖細胞，則可以遺傳。但只要突變群還沒有達到總群體的1%，就只能算是一個突變株/系，達到了1%就是多態性了

3、。Part 1-SNP背景簡介背景簡介SNP與突變的區別與突變的區別 DNA片段長度多態性（片段長度多態性（FLP）由于單個堿基的缺失、重復和插入所引起限制性內切酶位點的變化，而導致DNA片段長度的變化 DNA重復序列的多態性（重復序列的多態性（RSP）特別是短串聯重復序列，如小衛星DNA和微衛星DNA，主要表現于重復序列拷貝數的變異。小衛星（minisatellite）DNA由1565bp的基本單位串聯而成，總長通常不超過20kb，重復次數在人群中是高度變異的。這種可變數目串聯重復序列（VNTR）決定了小衛星DNA長度的多態性。微衛星（microsatellite）DNA的基本序列只有18b

4、p，而且通常只重復1060次。單核苷酸多態性（單核苷酸多態性（SNP）單個堿基的置換，在CG序列上頻繁出現。Part 1-SNP背景簡介背景簡介SNP與與DNA多態性的區別多態性的區別 遺傳穩定性高遺傳穩定性高 基于單核苷酸的突變，突變頻率較低 位點豐富且分布廣泛位點豐富且分布廣泛 廣泛分布于動植物基因組中。人類基因組的30億個堿基中，約每300-500個堿基就有一個SNPs發生，整個人類基因組大約有2000萬SNPs。它是基因組中的一種數量非常豐富的變異形式,占人類基因組中遺傳多態性的90以上 有代表性有代表性 可能發生在編碼序列上，也可能發生在非編碼序列上。在編碼序列內的SNP，包括同義突

5、變同義突變（不改變氨基酸）及非同義突變非同義突變（改變了氨基酸）。改變了氨基酸的非同義SNP就改變了生物性狀，這可能是生物體變異或者病變的直接原因，因此可為個體形狀遺傳機理研究提供一定參考依據。Part 1-SNP背景簡介背景簡介SNP特點特點 二態性和等位基因性二態性和等位基因性 1個SNP在基因組某個位點上有單個核苷酸的變化，主要有兩種形式：單個堿基的轉換；顛換。原理上，突變處的堿基可為C、G、A、T，但SNP多發生在T和C間，原因為CG中C即胞嘧啶常為甲基化的、自發地脫氨后即成為胸腺嘧啶。SNP標記一般只有兩種等位型的堿基組成，具有二態性。由于具有等位基因性，因而在任何群體中其等位基因頻

6、率可估計出來。檢測快速檢測快速 基于自身的雙等位標記特點，檢測時無需像檢測RFLP、SSR標記那樣測量片段的長度，而通過測序直接進行比對來發現差異。Part 1-SNP背景簡介背景簡介SNP特點特點一般的一般的Meta分析步驟分析步驟Part 2-SNP與疾病關系的與疾病關系的Meta分析步驟分析步驟SNP的的Meta分析步驟分析步驟Part 2-SNP與疾病關系的與疾病關系的Meta分析步驟分析步驟 文獻檢索策略 文獻納入排除標準 數據提取及文獻質量評估 統計分析統計分析A.采用HWE方法檢驗對照中的基因型頻率的穩定性B.分析比較各種基因型（5種，也可以是其中的幾種）模型下多態性與疾病易感性

7、的關聯 哈迪-溫伯格平衡定律（Hardy-Weinberg equilibrium,HWE）亦稱遺傳學平衡定律，用于估測樣本的群體代表性。是指在理想狀態下，各等位基因的頻率和等位基因的基因各等位基因的頻率和等位基因的基因型頻率在遺傳中是穩定不變型頻率在遺傳中是穩定不變的，即保持著基因平衡。HEW 對于一個大且隨機交配的種群，基因頻率和基因型頻率在沒有遷移、突變和選擇的條件下會保持不變。檢驗方法常包括：針對大樣本的擬合優度檢驗擬合優度檢驗（Pearson 2 檢驗和似然比檢驗）及針對小樣本的精確檢驗。A.采用采用HWE方法檢驗對照中的基因型頻率的穩定性方法檢驗對照中的基因型頻率的穩定性 Last

8、,sensitivity analysis was also performed,excluding studies whose allele frequencies in controls exhibited a significant deviation from the HardyWeinberg equilibrium(HWE),given that the deviation may denote bias.Deviation of HWE may reflect methodological problems such as genotyping errors,population stratification,or selection bias.HWE was calculated by using the goodness-of-fit test(擬合優度檢驗擬合優度檢驗),and deviation was considered when P 0.05（以IL-6R基因-183（G A）位點突變為例）Part 3-文獻實例文獻實例Thanks for your attention